Река Катунь берёт своё начало в окрестностях Катунского хребта. Там на южных склонах горы Белуха близ ледника Геблера и находится источник этой самой большой реки Горного Алтая. В верховьях Катунь характеризуется горным течением.

В среднем течении горный характер Катуни всё ещё отчасти сохраняется, а вот в низовьях река Катунь течёт уже по равнинной местности. Питание реки преимущественно осуществляется за счёт таяния льда и снега. Температура воды этой водной артерии, как правило не превышает 16 градусов.

Половодье на Катуни начинается весной в мае и продолжается всё лето. В реку Катунь впадает более 35 притоков, среди которых можно отметить наиболее крупные. К ним относятся такие реки, как Аргут, Аккем, Чуя, Урсул, Кокса, Сема, Кадрин, Кучерла, Майма, Курган, Иша и Сумульта.

В самой реке Катуни и её многочисленных притоках обитает 28 различных видов рыб. В частности здесь водятся такие рыбы, как сибирский голец (селем), хариус, ленок, налим, таймень, сибирский подкаменщик, пестроногий подкаменщик, осётр, язь, стерлядь, речной гольян, нельма, окунь, елец, судак, ёрш и плотва.

Промысловое рыболовство на Катуни не развито ввиду его нерентабельности в здешних краях. А вот любительская рыбалка здесь порой приносит неплохие результаты. Здесь можно ловить поплавочной удочкой, спиннингом, некоторые рыболовы достаточно эффективно применяют рыболовную снасть типа "вентерь".